A török sereg 1543. augusztus 23-án érkezett Fehérvár határába és augusztus 28-án kezdték el az ostromot, melyben elsőként a Sziget és Ingovány külvárosok estek el. A török szeptember 2-án a várat is ostrom alá vették. Ekkor esett el a Budai külvárosban rekedt Varkocs György várkapitány, a Budai kapunál vívott küzdelemben.
A város magisztrátusa szeptember 3-án feladta a várat. Az egykori koronázó város török birtokba vételéről Dzselálzáde Musztafa számolt be. A vár védői szabad elvonulást kaptak, velük együtt menekült a johannita konvent is. Dalmady Sebestyén házfőnöknek sikerült szabad eltávozást kieszközölnie, ezzel a felbecsülhetetlen értékű hiteleshely iratai megmenekültek a pusztulástól. A törökök később megszegték ígéretüket, a város lakosságával kegyetlenül leszámoltak, a királysíroknak sem kegyelmeztek, Szapolyai János holttestét kidobták a királyi bazilikából, tetemét Szigethy Tamás városbíró a Szent Mihály templomban temettette el.
Székesfehérvár – Isztolni Belgrád – a török hódoltságban is jelentős közigazgatási székhely; a budai vilajet katonai, egyben közigazgatási kerületi központja lett. A török hódoltságról a várost érintően kevés forrás tudósít. Ezek között tarthatjuk számon a török-kori kincstári deftereket. Ezekből tárul elénk viszonylag teljes kép Isztolni Belgrádról. Az elárverezett ingatlanok jegyzékei a városrészekről és az utcák elnevezéséről is tudósítanak. A fejadó-összeírásból a keresztény lakosság elhelyezkedéséről is vannak ismereteink.
A királyi csapatok a város felmentésével több mint fél évszázadon át sikertelenül kísérleteztek. A magyar lakosság a várban történtekről rendszeresen tájékoztatta a közeli magyar végvárakat. Fejér Lőrinc főbíró 1565-ben titokban két polgárt küldött Thury György palotai kapitányhoz. A megfogyatkozott török helyőrség ellen a polgárok felkelését latolgatták, de külső támogatást nem kaptak. 1566-ban Salm győri várparancsnok kísérelte meg a város felszabadítását. A Sóstónál táborozó katonaság azonban nem indított ostromot. A törökök ezt követően 1572-ben a vár megerősítéséhez fogtak. 1587-ben újabb sikertelen ostromot kísérelt, Pálffy Miklós komáromi várnagy, de a török védők szétverték az ostromhoz fogott támadókat.
1598-ban, majd 1599-ben Nádasdy és Schwarzenberg csapatai próbálták meg a város visszafoglalását, azonban a felszabadítási kísérlet eredménytelenül végződött. A város visszafoglalására 1601 szeptemberében került sor. Szeptember 14-én Russworm tábornok átkelt az addig átjárhatatlannak ítélt ingoványon és elfoglalta a Sziget külvárost. A vár ostroma szeptember 17-étől tartott, a döntő ütközetre 20-án került sor. A vár bevételekor felrobbant a koronázó templom egyik tornya, amelyet a törökök lőporraktárnak használtak, s az ezt követő tűzvészben elpusztult a vár jelentős része...
további várostörténeti tudnivalókat a Városi Levéltár honlapján találtörök ábrázolás Székesfehérvár elfoglalásáról
